Lo que comentaís tiene sentido, pero creo que es muy arriesgado y demasiado inconveniente para las bandas que no aceptan mutantes entre sus filas, vamos, les da un plus de peligrosidad a los que sí los aceptan (que por lo general suelen ser las bandas más tochas de por sí) y les pone una traba muy gorda a las que no, especialmente via economía y venta de piedras que suele ser una de las pocas ventajas que tienen sobre los otros.
Ganar una mutación en la mayoría de los casos es el equivalente a ganar una Nueva Habilidad, por lo que debería ser algo bastante raro, por ello soy más partidario de lo que comenta Drawer que es como está ahora, puedas ganar una mutación via verde ambición (que viene a ser piedra bruja muy concentrada) y como efectos secundarios de hechizos de Tzeentch, pero incluso por esas vías no hay garantías de ganarlas.
No se, de poner un sistema similar lo pondría como Módulo y no como Nativo y con alguna posibilidad de resistirse a las mutaciones, que de otra forma es muy descompensado.